很久很久以前的超古代，作为宝可梦世界锦标赛冠军的小智重新踏上了旅程，在更加漫长的岁月历经着各种精彩激烈的战斗。在许多年后，无边无际的宇宙中都流传着他的名字。
传闻中，他找到了究极异兽的故乡，登临过专属于火系精灵的维苏威火山，与穿梭在宇宙中的赛尔号擦肩而过。留下的传奇数不胜数，就在整个宝可梦世界都在为这一位训练家之王而欢呼时，一道光芒降落在星球上，杀死了无数的人类，随后一切都戛然而止，在后来漫长的岁月中就连小智的名字都被仅剩的人类列为禁忌。
“阿尔宙斯，你要将小智带到哪里去？！”
无垠宇宙中，一道闪烁黄色霹雳的电老鼠盯着一头璀璨神圣的四脚兽。他的身后，站着一群人，有背负水手里剑的水蓝色头发男子、浑身燃烧着火焰的少年、有戴着墨镜的邻家大叔、头上戴着一个犹如月牙般的叶片的女孩……，这些人只有一个目的，带走共同的伙伴。
“怎么？！”
“你们要为了一个人类与浩大的精灵神殿开战吗？！”
璀璨神圣的四脚兽下一刻化作人形，背后呈现一道神环，犹如太阳神般，宇宙无敌。他大手一挥，时间龙——帝牙卢卡出现，怒吼一声令在场的人都控制不了自己的岁月，身躯不断变化每一个阶段。
“阿尔宙斯，不要一意孤行。”
此时，那群人中，一道绿色的身影出现，利用时空之力破解帝牙卢卡的招式，正是同样可以穿梭时空的精灵——雪拉比！
“哼，执迷不悟的是你们！”
“只要我吞下他，一定可以带领你们打进那个世界！”
阿尔宙斯不屑，另一只手抬起，空间龙——帕路奇亚登场，一声怒吼，直接将雪拉比放逐！
“胡帕！”
“将小智还回来！”
一声胡帕，宇宙中顿时生出一个金色大圆环，被放逐的雪拉比被释放了出来。出手正是拥有六只手臂的幻之宝可梦——胡帕，解放了自己全部的力量！他脾气很暴躁，直接对阿尔宙斯出手，施展异次元猛攻！
“愚昧！”
“既然如此，你们全部都陪他去死吧！”
阿尔宙斯愤怒了，反转龙——骑拉帝纳出现，直接对上胡帕将他拉进反转大世界战斗！随后阿尔宙斯的躯体发光，十八块石碑飞出，化作各大系的自我，冲进人群之中大杀四方，三圣剑精灵直接被打穿，圣剑破裂。三圣鸟都在尖叫，羽翼被撕裂！
首当其冲便是皮卡丘，他纵身跃出，变成了人形在闪电中与电系阿尔宙斯大战，他今时不同往日，已经是比肩顶尖神兽的雷神，一身黄色鬃毛倒竖向天空，就算是同为电系神兽的捷拉奥拉都自愧不如。
凤王与洛奇亚联手攻伐阿尔宙斯的本体，两只超级神兽都在流血，阿尔宙斯的力量登临顶峰，其创造与毁灭之力十分强烈。盖欧卡、固拉多两只精灵原始回归与火系阿尔宙斯与水系阿尔宙斯大战，裂空座一声怒吼，进入超级状态，一条尾巴砸飞一头神兽，他已经被神血染红了，看起来十分的狰狞。
轰隆！
阿尔宙斯身后的精灵神殿开启，不曾见过的神兽出手，飞出来数百尊堪比神兽的存在，其中有究极异兽、有人类、有亚比。其中的强者出手将两位梦之神兽打得崩溃，找不到形体，最有一片羽毛飞舞！
道之三龙对视一眼，选择了究极融合，化为一体，雷电、火焰、寒冰的力量席卷宇宙，无数的星辰被打爆。他们疯狂饮血，凤王和洛奇亚败下阵来，究极的道之龙与阿尔宙斯大战，令后者的创世神环都在震动。
在另一片战场，雷神——皮卡丘终于击败了电系的阿尔宙斯，他几乎力竭，看向还在竭力奋斗的甲贺忍蛙与烈焰猴等人，他们沐浴神血，有些是敌人的，有些是自己的。他们修行的岁月太短了，很难与修行了无尽岁月的老怪物对抗，要想赢得胜利，这是最后的机会，必须救回小智，所以只能选择拼命！
黄金水手里剑砍下一头巨兽的脑袋，甲贺忍蛙与皮卡丘对视了一眼，两个并没有语言交流，又杀向了下一个敌人。
“吼！”
索尔加雷欧的在怒吼，他与露奈雅拉遭遇了不可对抗的大敌，已经濒死，最后的目光投向了皮卡丘，他们作为日与月的神兽，与小智也结下一段缘分。另一边战场，释放了究极波导弹的路卡利欧猛地回头，眼角滴下泪，但他没有过多的犹豫，与下一个敌人战到了一起！
“索尔加雷欧，露奈雅拉将你们的力量借给我！”
皮卡丘也与那个大敌遭遇了，同样不是对手，对方太恐怖，拥有接近阿尔宙斯的力量，皮卡丘大吼，身体被劈开，索尔加雷欧与露奈雅拉没有犹豫将最后的力量全部交给了皮卡丘！
“拜托你了，一定要救出小智！”
随着一声嘱托，两道庞大的身影彻底消失了，皮卡丘的身体极具变化，日与月的力量汇聚，与雷电交织化作混沌雷，他再次与那个人爆发了大战，这一次他不输于对方，愤怒到极点，将对方撕开，劈出两半！！
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“吼！”
十八块石碑的力量飞回了阿尔宙斯的体内，他的战力迅速暴涨，令终极的道之龙望尘莫及，再也不能够对敌！
“你们都是我创造的！”
“竟然敢忤逆我，赐你们死亡！”
创造神环极具反转，化作毁灭神环，道之龙被打散，力量都崩溃了！
“将小智还来！”
皮卡丘带着日与月的力量与阿尔宙斯对视，道之龙的力量被他张口吞下，与所谓的创造之神大战！
……
这一战，宇宙都被打得不完整了，宝可梦的世界被打碎了，不知过去了多久才重组成一颗星球，可是遗留下来的人都不知道这一战的结局，甚至有些精灵都在神战中彻底绝迹了。
但是这颗星球却再也没有了原来的面貌，被野生的精灵所统治，普通的人类成为了他们的美餐。
直到许多年后，新世纪的到来，人类的格局彻底改变，再次成为这颗星球一部分的主人。
“嗯，该睡觉了。”
故事的主角合上了名为神之序章的书籍，从硬木床板上一跃而起。全身唯一的装饰品，那一串水晶项链摇晃，他就这样走出了破破烂烂的巷子。
“我叫王非，王八蛋的王，非人哉的非。因为机缘巧合之下，我来到这个驯兽师为王的世界，很遗憾原来的我并非什么厉害的驯兽师。”
“但我绝对要成为驯兽师之王！”
这个新世界，十分的辽阔，就是主角所在的国家都被分为了五大域，坐镇人皇塔中的玉麒麟——杰克德林所守护的和氏璧地区、坐镇黄河楼中的金钢龙——烛斯帝兹所守护的龙泉剑地区、坐镇圣灵阁中九霄虎——奈啸所守护的毛公鼎地区、坐镇天帝台下的天碑龟——策斗所守护的田黄印地区、坐镇湘水镜中的紫劫雀——北魄所守护的紫砂壶地区。五大地区，各有自己的精灵联盟，但是都归属同一个政府领导——大明共和。
“这里有着与原来世界轨迹相同却出入很多的历史。我所在的城市名为玉佩，是一座古城，位于大明境内最北端的和氏璧地区。”
“这是一个充满精灵的世界，有耳熟能详的精灵，但却不是一个人人都能拥有精灵的世界。”
“这是一个崇尚武力的地区，允许精灵与训练家一起下场作战，但却不是人人都能修炼武艺的地区。”
“但我唯一值得庆幸的是，我有一只属于自己的精灵，绿毛虫。”
王非在烈日下行走，看着这座城市的一砖一瓦，都显得不是那么友好。他已经魂穿到这个世界三天了，得知自己父母双亡，没有亲人，并且正在靠着国家的补助过日子。
王非走出了贫民区的巷子，走在铺满青石砖的路上，街边有迫于生计的人们正在享受着自己的午餐，他们终其一生也是梦想是获得一只等级最低级的精灵后成为训练师，这样才能高人一等。
原身目前了解到的就是，没有开发出意志的被称为始兽级精灵，根据大明官方测量仪给出的结论，能量抵达了一到十级便是始兽级精灵，可以施展招式。而开发出了战斗意识的精灵，被已经算是通灵，被称为灵兽级精灵，体内潜藏的先祖血脉也被开发出来了一些。然后更强大的就是异兽级精灵了，异兽级精灵与人类拥有同等的智慧，只有那些资深的训练家才会拥有，另外就是经常上战场的将军们。
街道上有小孩在磨练自己的武艺，大汗淋漓，但却收获不菲。来到铺满沥青的现代街道，就看到有学生与精灵在街边玩耍，脸上满是笑容。王非有心事，并没有看到这些可爱的笑容而露出笑容。
此时临近暑假，不知为何，天气有些反复无常。
此时太阳烈烈当空，十分炎热，蒸得空气都有了‘形状’，人们躲到了阴凉处爽快，大街上空荡荡，放眼望去，只有王非在行走。
“绿毛虫，进去吧。”
王非的肩上趴着一只绿毛虫，大概是被太阳晒得，懒洋洋的一动不动，王非拿着刻有虫系标志的精灵球碰了碰绿毛虫的Y字形红色触角，要将它收回精灵球中。
“呜！”
绿毛虫抬起头看了一眼，便发出呜的声音，拒绝了王非的提议，便又趴下了。
“不愿意嘛。”
“那你再坚持会，就快到了。”
王非看着绿毛虫的动作推测道，在这座城市，只有被博士选中的孩子才能获得精灵翻译器，很明显王非并不在其列，所以与精灵的交流始终是一个问题。
“叮叮！”