此后，袁崇焕与王之臣多有分歧，如袁崇焕欲贯彻自己“以辽人守辽土，以辽土养辽人”的构想，试图在关外大兴军屯，此方案受到王之臣的反对，明廷也未同意。

此外，努尔哈赤死后，袁崇焕打算趁建奴汗位更迭之际，“趁机进剿”。

袁崇焕先利用其便宜行事之权，派遣手下的李喇嘛去沈阳，借吊祭努尔哈赤为名窥探建奴虚实。

建奴新汗皇太极，趁机提出议和的请求，袁崇焕有意答应，准备“因而间之”（即趁机离间）。

王之臣则反对派吊使及议和，称此举会令明朝的藩属蒙古及朝鲜寒心。

而当时大权在握的大太监魏忠贤，支持袁崇焕的主张 ，于是大明与建奴双方开始议和交涉。

在此期间，袁崇焕先修松山、杏山二城，再修锦州、大凌河、小凌河三城。

为了在朝堂上得到支持，袁崇焕的立场也逐渐倾向“阉党”。

此后袁崇焕几乎每次上书，都要称颂魏忠贤一番，甚至表示“臣今春宁远之战，则厂臣（魏忠贤）之所谋也。”

而这，也为袁崇焕之后的悲惨遭遇，埋下了伏笔。

天启七年（1627年）二月，王之臣因与袁崇焕分歧太大，称病请辞，明廷批准了他的请求，并空缺辽东督师之位。

此后，由辽东巡抚袁崇焕一人主持辽事，袁崇焕提出了，“守为正着、战为奇着、款为旁着”的方略。

同年，建奴入侵朝鲜（丁卯之役），等消息传来后，袁崇焕命令部下东援朝鲜。

但朝鲜方面在之后与建奴达成议和， 等建奴入侵朝鲜传到京师后你。

天启帝听从兵部尚书冯嘉会的建议，命袁崇焕趁后金，“远掠巢虚之时，挑选关宁精锐，择智勇之将，轻骑入捣，大兵陈河，相机续济，以牵奴后而纾属国之急”。

袁崇焕遂派总兵赵率教及副总兵左辅、朱梅等领精兵九千人去三岔河（辽河下游）一带执行“捣剿”任务，继而又派参将徐琏率1000水兵东援朝鲜。

但他们都只是虚张声势，并未对建奴起到任何牵制作用。

袁崇焕因此受到天启帝的斥责，他上书为自己辩解称，“建奴，十万掠鲜、十万居守”。

意思就是建奴大本营并非空虚，直接“捣剿”过于冒险，他只能在确保山海关和宁远城安全的情况下，让赵率教等人伺机而动。

因为建奴入侵朝鲜，大明与建奴的和谈计划也由此破裂。

皇太极指责袁崇焕，“诈称和好，乘间葺城”。

皇太极于同年五月，率军进攻新筑的锦州等城。

而袁崇焕则命赵率教及左辅、朱梅移驻锦州，击退了建奴的攻城。