于是，司马睿命刘隗、戴渊、刁协、王导、周顗、郭逸和虞潭等率军进攻石头城，但都被王敦军打败。

太子—司马绍知道诸军兵败后，打算亲率将士决一死战，但被太子中庶子—温峤谏止。

王敦在石头城中拥兵，不入宫朝见司马睿，更放纵士卒四处抢掠。

当地大乱，官员都逃走，只余下安东将军—刘超率众与两名侍中侍奉司马睿。

司马睿只好脱下戎服，派使者向王敦求和。

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同时，兵败的刁协和刘隗回宫见司马睿，司马睿流着泪劝二人快点逃走避祸，更给予二人人马让他们逃走。

但刁协因年老而不能骑马，亦对人无恩情，元帝召募刁协随从时竟然全都推辞。

刁协行到江乘时被杀，首级被送到王敦那里；刘隗则领家属北逃至后赵。

不久，在吴兴响应王敦的沈充攻破吴国，杀害吴国内史—张茂。

之后，司马睿命令百宫到石头城见王敦，然后任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧、封武昌郡公。

王敦假意辞让，知道攻破建康，王敦责备说：“不听我的话，几乎灭族。“

王导仍然不理睬，王敦没办法。

王敦见太子为人勇敢，而且有谋略，朝野中人都支持他。

于是，王敦打算以不孝为名废了他，以免日后阻碍自己专政。

但遭到温峤的大力反对，其他人亦同意温峤，因此王敦无法得逞。

但王敦却因为周顗和戴渊二人有很高的名声和才能，从而十分忌惮，所以将二人杀害。

王敦亦更置百官及军镇，影响数百人，但决策朝令夕改，只是随心而作。

不久，王敦即回到武昌，并遥控朝政，后又自行加领宁、益二州都督。

甘卓知道王敦得胜并杀害周顗等人后，又得到王敦命台城所发的驺虞幡，声言害怕他攻击武昌会逼王敦劫持皇帝。

于是，决心撤回襄阳。

都尉—秦康和乐道融劝甘卓分兵截断彭泽湖口，断绝王敦在武昌和建康两批军队的接触支援，让王敦士众自动离散。

但甘卓十分坚决，断然拒绝。

同时，攻打长沙的魏乂，其手下捕捉了司马承派出求援的周该和周崎。

魏乂向周崎说：“王敦已击败朝廷军队，主掌建康朝政，而甘卓亦已回襄阳，援军不会再来，要周崎去劝降，瓦解军心。”

周崎假意答应但却和城中人说援军快到，鼓励继续坚守，最终遭到杀害，周该亦被拷问至死。

之后，魏乂攻击转猛，又将王敦送来的朝廷文章射入城内。

城内的人得知朝廷战败后，全都十分惆怅地感到惋惜。

两军攻守一百多日后，衡阳太守—刘翼战死，士卒死伤枕藉。

最终都被攻破，捕掳司马承等人，又杀害谯王长史虞悝。

魏乂又以槛车送司马承和舂陵县令—易雄到武昌，王廙受王敦之命在途中杀害司马承。

易雄到武昌后仍然意志高亢，没有惧色。

王敦畏惧他言辞刚正，将他释放，但王敦不久即派人将他暗杀。

甘卓到襄阳后，家人都劝他防备王敦，但甘卓不听。

甘卓命手下士兵解甲耕作，每听到防备王敦的谏言都会大怒。

襄阳太守—周虑受了王敦的密令，假称湖中有很多鱼，要甘卓将手下士兵都派去捕鱼。

之久，周虑领兵在甘卓寝室袭击甘卓，并将他杀死，斩下头颅送交王敦，又杀害甘卓的几名儿子。

之后，王敦任命周抚代替甘卓的位置。

王敦掌握朝政后，四方的朝贡大多都进了他的府第，同时将相州牧的任命皆由他掌握，所任用的都是他的亲信或琅琊王氏的族人。

同时，又以沈充和钱凤为谋主，二人的计谋都会听从。

又任用诸葛瑶、邓岳、周抚、李恒、谢雍等人，更纵容沈充等人胡作非为。

王敦堂弟—王棱多次劝谏王敦，却遭到王敦暗杀。

同年，司马睿忧愤成疾，最终病死，由太子司马绍继位。