红巾军占领颍州后，元廷遣枢密院同知赫厮、秃赤率阿速军及各路汉军前往镇压，被红巾军击败。

接着，红巾军又占领亳州、项城、朱皋、汝宁府、息州、光州等地，人数达十余万。

红巾军所到之处，开仓散米，赈济贫农，深得人民拥护，群众纷纷加入，队伍迅速扩大到几十万人。

当时社会上流传着“天遣魔军杀不平，不平人杀不平人，不平人杀不平者，杀尽不平方太平”的诗。

在红巾军的影响下，全国各地农民纷纷响应。

人数较多的有蕲水的徐寿辉部、萧县的芝麻李部、南阳的布王三部、荆樊的孟海马部、濠州的郭子兴部等。

北方红巾军从至正十五年（1355年）开始主动出击。

二月，刘福通将韩林儿迎至亳州，立韩林儿为“小明王”，国号“大宋”，年号“龙凤”，建立了北方红巾军的革命政权。

刘福通任枢密院平章，不久后任丞相。

然而，红巾军内部存在许多不同的派别和利益集团，导致组织上的分裂和士气低落；

缺乏强有力的领袖人物来统一指挥和协调各个部队的行动；且其武器装备和军事技术相对落后，无法与元朝政府的强大武装力量抗衡。

最终，红巾军起义在1355年后遭遇惨重失败，许多起义者被迫退回乡间，起义的火焰渐渐熄灭。

尽管红巾军起义最终失败了，但以红巾军为主力的农民起义军沉重打击了元朝在全国各地的统治，为朱元璋最后推翻元朝创造了条件。

朱元璋曾是郭子兴部红巾军的一员，他在江南稳步发展自己的势力，并陆续吞并了张士诚、陈友谅、方国珍等其他割据势力。

至正二十七年（1367年），朱元璋出兵北伐，平定中原。

次年正月，朱元璋正式称帝，年号洪武，建都于南京，国号大明。

同年八月，元顺帝逃亡上都，明军俘获元监国淮王帖木儿不花和丞相庆童等处死，推翻了元朝统治，元末农民起义结束。