金廷使者至临安，秦桧怕被谴责，与使者改“江南”为宋，称“诏谕”为国信。

高宗不愿向金人行屈膝礼，命秦桧以宰相身份行礼接受金廷国书。

和议后金人归还河南、陕西旧地，但一些大臣认为求和非长久之计，秦桧得知后罢免了一批人。

次年金人背盟南侵，秦桧的相位却得以稳固，他还力主撤兵并诏回岳飞。

南宋撤军后，金兵接连占领各地，秦桧被封为莘国公。

绍兴十一年（1141年），秦桧欲尽收诸将兵权，在给事中范同建议下，秦桧密奏高宗对韩世忠、张俊、岳飞三人论功行赏，解除他们的兵权。

六月，秦桧被封为左仆射、同中书门下平章事兼枢密使，进为庆国公，后因修成《徽宗实录》，迁少保并加封冀国公。

十月起，秦桧命人接连上疏弹劾岳飞，又指示张俊诬告岳飞手下张宪谋反，致使岳飞父子被逮捕入大理寺。

因岳飞常反对和议，秦桧命人诬告其“谩侮皇上”“受诏不救淮西”，于十二月将岳飞赐死狱中，岳飞之子岳云被斩杀。

次年，秦桧加封太师，进封魏国公。

绍兴十四年（1144年），秦桧贬黜或流放了从前议论、讽刺过他的李龟年、李光、解潜等人。

后又借高宗立嗣之事，罢免一批朝臣。

秦桧奏请高宗禁止传扬秦熺主持修国史，秦熺借机歌颂秦桧，并更改、焚毁涉及秦桧的诏书等。

绍兴十五年，秦桧一家皆加恩封赏，还得到高宗亲笔题写“一德格天”的匾额。

绍兴十九年，皇上命绘秦桧像并亲自做赞。

绍兴二十年（1150年）正月，秦桧上朝遇刺未中，此后出门有数十位侍卫持棍相伴。

这一年秦桧病重，高宗允许他乘轿子上朝并由其孙搀扶，且免行拜礼。

绍兴二十二年（1152年）三月，秦桧以“撰造语言，谤毁朝廷”之罪废王庶二子，将王庶升为浙东马步军副都总管以酬谢他诬告岳飞之事。

秦桧在朝中擅权专政，进言之人大多为歌颂其功德，家中子孙也皆任重职。

赵令衿因说“君子之泽，五世而斩”而被汪召锡告发，并牵连到前宰相赵鼎之子赵汾，秦桧命人诬陷赵汾等人，案件牵连贤士五十余人，此后秦桧病情加重。

绍兴二十五年（1155年）十月二十二日，秦桧去世，终年六十六岁，追赠为申王，谥号“忠献”。

宋宁宗开禧二年（1206年）四月，追夺秦桧王爵，改谥号为“谬丑”。

嘉定元年（1208年）又得以恢复原封号、赠爵。

秦桧执掌相位多年，打压朝中主战派、构陷忠良、暗增民税，被史学家认定为奸臣。

《宋史》将秦桧列入《奸臣传》，评价秦桧“自其独相，至死之日，易执政二十八人，皆世无一誉”。

南宋、明清时期的小说戏曲中秦桧也多以奸臣的形象出现。