太平天国运动来势汹汹，慈禧继续沿用咸丰重用汉人的政策，力排众议，授权曾国藩督办四省（苏、皖、浙、赣）军务，其巡抚、提镇以下悉归节制。

曾国藩为感恩推荐了左宗棠和李鸿章，他们成为抵抗太平军的重要力量。

2. 支持洋务运动。

同治元年（1862年），以同治帝名义颁发上谕，正式宣布“借师助剿”政策方针。

“洋枪队”改名为“常胜军”并扩编，还在宁波组建“常捷军”，列强提供洋枪洋炮给清军并帮助训练。

为培养洋务人才，清政府于同治元年设同文馆，在上海、广州设方言馆，后又派遣人员出国留学，在国内创办许多专业性学堂。

同治五年（1866年），恭亲王奕?上折请求在同文馆内添设一馆学习天文、算学知识，慈禧批示同意。

奕?再上奏折明确提出“学西学、制洋器为自强之道”，也得到慈禧批准。

奕?请以从三品太仆寺卿徐继畲为总馆同文馆事务大臣，慈禧批准并指示其仍在总理各国事务衙门行走。

此外，慈禧还发布懿旨表扬从中央到地方的全部洋务派高级官员。

然而，监察御史张盛藻和同治帝师傅倭仁先后上折反对设天文算学馆，大臣杨廷熙也上奏请求停止洋务运动，慈禧生气地要逮捕杨廷熙，后经劝诫作罢，并命军机处起草驳斥杨廷熙的上谕，表明支持洋务运动的决心。

但慈禧贪恋权力，拖延同治皇帝亲政时间，直到其十七岁才为他举行大婚典礼并让其亲政。

同治十四年（1875年），同治皇帝去世，慈禧立咸丰帝的侄子、年仅4岁的爱新觉罗·载湉为帝，改年号为“光绪”，两宫太后再次垂帘听政。

光绪九年（1883年），中法战争爆发，清朝和法国在军事上各有胜负，但慈禧认为应“乘胜即收”，最终签订《中法新约》。

光绪十年，以奕?为首的军机处因不愿轻易开战引起其他大臣弹劾，慈禧与醇亲王奕譞合作，以“委靡因循”的罪名，将以奕?为首的军机大臣全部罢黜，自此开启独裁之路。

光绪十五年（1889年），光绪大婚，名义上可亲政，但慈禧不愿放权，决定训政数年。

光绪二十四年（1898年），为安抚满洲贵族的愤怒，慈禧发动戊戌政变，软禁光绪帝，并第三次垂帘听政。

此外，她还利用义和团运动，向西方各国宣战，引发八国联军侵华战争。

光绪三十四年（1908年），光绪帝去世，慈禧选择溥仪为皇帝。

同年，慈禧太后离世，葬于菩陀峪定东陵。