洪武四年秋末，皇上看完《水浒传》很生气，提笔写道：此乃倡乱之书也，此人胸中定有逆谋，不除之贻患。于是秘密派人到兴化，把施耐庵诱到南京，改名后投入天牢。

洪武五年初，施耐庵家人见他到南京后如泥牛入海，杳无音信，申氏就派罗贯中到南京刘府打听消息。刘伯温听了大吃一惊，他知道施耐庵被投入了大牢。他吩咐罗贯中不要急，等他查一下再说。他调来所有档案一查，没有施耐庵这个人，但在“黄”字号监牢里有一个叫“方也人”的老头，已病入膏肓。刘伯温一下就明白了，“方也人”不就是个“施”字吗？幸好在“黄”字号里，还有救。因为大明天牢分为“天、地、玄、黄，宇、宙、洪、荒”八个等级，“天、地”二级是立刻处决的死刑犯，“玄黄”两级是杀放两可的人，但“天地玄黄”四等归皇上管辖，放人要皇上批准。

当天晚上，刘伯温来到天牢“黄”字号小间里，果然找到了施耐庵，他躺在床上，已奄奄一息。刘伯温不动声色，退出牢房，吩咐狱长快给“方也人”请医生治病。同时回家安慰罗贯中，稍安勿躁。

第二天，刘伯温来到御书房，趁皇上高兴，假装什么都不知道地奏道：“皇上，据狱长报告：天牢‘黄’字号小间里，一个老头叫方也人，已七十六岁，病得快死了，请问皇上怎么处理？”

皇上把背靠在龙椅上，看着刘伯温说道：“你不知道？那是你的同科进士施耐庵啦。”

刘伯温听了，假装吃了一惊，说道：“怎么会是他？他犯了什么罪？”

皇上叉了两下手说道：“朕认为他不愿效力于大明，罪之一也；写的《水浒传》是倡乱书，罪之二也；未经朝廷许可，就到处流传，有惑民之嫌。罪之三也。此人应除之以警民。”

刘伯温耐心地解释道：“施耐庵对我说过，这书是至正二十三年，他离开张士诚后开始写的，那时正是我们起义造元朝的反之时，他写的是梁山好汉造反的故事，实际是歌颂我们，因为他也是造反人，这书不是倡乱书。再说，他只是把《大宋宣和遗事》几十本小册子组织、编写一下，另命名《水浒传》而已，写的是好汉们如何被四大奸臣逼上梁山的，不能说这书是倡乱书。关于效力大明的事，他曾对我说过：‘老弟，我好羡慕你，嫉妒你，你的运气真好，遇到了一代明主，成就了一番事业，轰轰烈烈的事业，名垂青史的事业。我生不逢时，我要是晚生十年该多好哦，我早就投到朱皇帝帐下去了。可惜我已七十五岁了，廉颇老矣!我只能完成一件事——写完我的书。’他的书刚写完就上报给皇上，还没有流传，惑民就不存在。”

“他笔下的宋江是影射谁嘞？是我朱元璋吗？”皇上问道。

“这个问题我也问过他，他说：‘我是从至正二十三年离开张士诚时就开始写水浒传的，张士诚在事业有一定成就时，不思进取，反而去投降元朝，讨封吴王，甘当朝廷鹰犬，被人所不齿。这一点他和宋江一样，没有志气、骨气和义气，他是个投降派，我施耐庵很瞧不起他，我是造反派，很受排挤，这也是我和张士诚之间最大的分歧、矛盾和冲突，也是我和罗贯中离开张士诚的主要原因。’施耐庵还亲口对我说过：‘张士诚的才能、智慧和胆识能有朱皇帝的一半，他就不会亡国了。我的书就是针对和批判张士诚的，因为他不听老师教导，亡国是必然的。’”

“他真是这样说的？”皇上睁大眼睛问道。

“臣不敢妄言。书既然是针对张士诚的，我们就不能囚禁和杀害施耐庵，我们不能作为张士诚报仇的事。”刘伯温果断地说。

“先生，你说我们该怎么办？”皇上问道。

刘伯温伸出三个指头说道：“有三个办法处理这事：上策是马上放了他，封他个官，给些银子，送他荣归，朝廷为他出版《水浒传》，这样可赢得一片人心。中策是速放施耐庵，医治好病，给点银子，低调送他出京，朝廷对书不置可否；下策囚死或杀了他，烧他的书，这就成了焚书坑儒，千古留骂名，请皇上三思，早作果断。”

皇上想了一想，拿起笔点点头说道：“先生，这样吧！上策朕一时还转不过弯来，那就采用中策，给他五十两银子，朕给你一个手谕，火速把这件事办好，把他送走，免得麻烦。”

刘伯温拿了手谕，令狱长将“方也人”销案放人，并派人把他送到刘府里，沐浴更新衣，请医生看病，调养身体，一直过了二十天，基本恢复到原状。刘伯温对南京所发生的事，表示先不知情，有失职之过，愧对故人，深表歉意。施耐庵何尝不知道官场的事？他表示不愿回忆往事，对故人的营救之恩，表示感谢。他只求尽快离开这个是非之地，一刻也不想停留。刘伯温送银一百五十两，加上皇上五十两，共二百两，找了一只东去江阴的顺风官船，把施、罗二人送到瓜州上岸，准备乘车北上，不料施耐庵在船上感染风寒，病情复发，二人勉强前行到扬州石家桥，在客店一病不起，服药无效，洪武五年三月，病死于石家桥客店，享年七十六岁。

客店老板是个水浒迷，见死者在客店登记簿上的名字是施耐庵，老板很有经济头脑，为了提高客店声誉，马上叫人放鞭炮、写挽联，引来很多人观看和悼念，连镇长也来了，向遗体告别后，宣布改石家桥为施家桥，并向罗贯中捐银十两，要了一件破衣和破鞋，表示回镇要作衣冠墓，原来镇长也是水浒迷。施家桥至今犹存，衣冠墓早无踪影。

施耐庵死后，罗贯中扶灵柩回到兴化白驹乡，很多人都来送葬。罗贯中怕出事，在葬礼完后，谭阳把三家人连夜用船送到浙江四明山隐居起来。罗贯中在四明山隐居中，参考陈寿的《三国志》，创写起《三国演义》来，给后人留下了万古不朽名着。

《三国演义》写成后，罗贯中把老师施耐庵的《水浒传》书稿一同带上，四方奔走，联系出版，都未成功。洪武十三年，四十八岁的罗贯中来到福建的建阳，建阳是当时全国的刻书中心，可是，建阳的所有书坊，没有一个敢接手，罗贯中只好暂时住下，一边等待时机，一边继续写《三遂平妖传》等书，当他搁笔时，他已是六十多岁的老人，还在为出版的事而奔走。晚年的他还壮心不已，准备写《文天祥传》，就到文天祥故乡卢陵搜集素材，洪武三十年（公元1400年）罗贯中在卢陵病逝，享年七十岁。

大约过了两百年左右，到了嘉靖年间，朝里出了一个兴化进士名宗臣，字子相，在福建任提学副使，后作福建布政参议，专门负责训练新兵，准备配合戚继光平息倭寇。罗家后人以乡谊去见宗臣，同时，以《水浒传》和《三国演义》手抄本相送，以激励士气，鼓舞士兵斗志，果然效果很好。加上当时有很多长篇作品问世，活字版已经广泛推广，印刷成本、时间大大减少，宗臣就批准印刷作坊出版，使这两本巨着才得以流传下来，直至今天。

宗臣在当时文坛上和李攀龙等人齐名，成为后七子之一，着作有《宗子相集》。